『福音戰士新劇場版：破』的故事發展是根據電視版第8話至第19話，但由於庵野秀明希望能打破EVA世界，所以把第23話劇情也加進去。除此之外，亦加入新人物、新機體、新劇情，似乎他以Mr. EVA之手把原有的EVA世界完完全全破壞了……

美里：「聽說在香港有EVA 5號機跟使徒戰鬥。駕駛者是個這樣的人」。駕駛者就是全新女主角「真希波•真理•伊盧崔亞斯」，她將會空降戰場協助真嗣和綾波麗等人。「式波•明日香•蘭格雷」隆重登場，她將會駕駛全新的EVA2號機參戰，而且更會代替某人的EVA出戰。當碇真嗣口裏不斷說「不駕駛不駕駛」，最後還是決定駕駛EVA初號機，向著未知的領域進發。

新角色加上新EVA，會有怎樣的關聯？一幕幕震驚的畫面，充滿神秘的EVA世界改變了，全球EVA迷定必拭目以待！